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Die erste urkundliche Erwähnung der Ortschaft Janisroda stammt nach den neusten Erkenntnissen aus dem Jahre 1265. Die Urkunde hierüber
befindet sich im Thüringer Landesarchiv in Weimar. Janisroda wird dort als Wansrode dargestellt, wobei Wa hier in lateinischer Sprache für Ja stehen.
Da neben Janisroda auch der Ort Flemmingen erwähnt wurde, ordnete das Stadtarchiv Halle die Urkunde Janisroda zu. In der Ortschaftsratssitzung vom
02. September 2010 hat der Ortschaftsrat Janisroda die Urkunde als erste urkundliche Erwähnung der Ortschaft Janisroda anerkannt. Bis dahin ergab sich
die erste urkundliche Erwähnung aus einer Stiftungsbeurkundung aus dem Jahre 1382.
Zuvor bestand bereits ein Herrensitz an diesem Ort aus welchen sich im Laufe der Zeit das Rittergut entwickelt, welches dem Amt Eisenberg und ab 1826
dem Amt Camburg unterstellt war.
1861 erfolgte eine erhebliche bauliche Veränderung der Stadtkirche, welche aus vorreformatischer Zeit stammt.
Da die Wasserversorgung des Ortes unzureichend war, begann man im 19. Jahrhundert in der Leislauer Flur eine Quelle zu erschließen und das
Wasser über eine Leitung in den Ort zu verbringen. Die Wasserleitung wurde am 17. Mai 1900 feierlich eingeweiht.
Aufgrund der Auflösung der Verwaltungsgemeinschaft Bad Kösen zum 31. Dezember 2007 erfolgte ab 01. Januar 2008 die Zuordnung der Ortschaft
zur Verwaltungsgemeinschaft Wethautal.
Zum 01. Januar 2010 erfolgte die Eingemeindung der Ortschaft mit seinem Ortsteil Neujanisroda in die Stadt Naumburg.