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Die erste urkundliche Erwähnung des Ortsteils stammt aus dem Jahre 1279, wobei bereits eine Kapelle erwähnt wird.
Nach umfassenden Sanierungsarbeiten wurde die Kirche am 31. August 1894 wieder für Gottesdienste geöffnet.
Für 1000 Mark errichtete der Orgelbauer Gerhardt eine Kirchenorgel, welche am 30. August 1895 eingeweiht wurde.
Zum 01. Juni 1994 erfolgte die Eingemeindung Großwilsdorfs in die Stadt Naumburg.
Ab dem Jahre 1999 wurde damit begonnen die jahrzehntelang vernachlässigte Bausubstanz der Kirche wieder in Ordnung zu bringen. Nach Reparatur des
Daches und der Fenster, erhielten ab dem Jahre 2008 die Innen- und Außenfassade einen neuen Putz sowie einen neuen Anstrich. Nach der erfolgten
Restaurierung der Orgel, wurde die Kirche am 08. Mai 2010 mit einem Festgottesdienst feierlich neu eröffnet.